Cette thèse étudie les attaques par portes dérobées sur les systèmes d’apprentissage profond, prenant la reconnaissance faciale comme exemple. Contrairement à une grande partie de la littérature, qui se concentre sur l'étude de réseaux de neurones profonds de classification isolés, ce travail évalue des pipelines réalistes dans leur globalité. La thèse débute par une revue de la littérature des attaques par portes dérobées, leurs défenses, et de la reconnaissance faciale, mettant en avant plusieurs angles morts. Cette thèse démontre alors des nouvelles attaques par portes dérobées sur des modèles présents dans l'industrie, contribuant à la compréhension holistique de ces menaces. Le résultat central de cette thèse est inquiétant : compromettre n'importe quel composant d'un pipeline suffit à le saboter, permettant un accès non autorisé dans un système biométrique. Ce travail propose alors plusieurs contremesures et recommandations pour se prémunir contre de futures attaques. En ancrant cette recherche dans un contexte de systèmes réalistes, cette thèse met en avant un problème de vulnérabilité qui affecte un large éventail d’applications qui vont au-delà de la reconnaissance faciale.

Les pénuries de médicaments, amplifiées par les crises sanitaires, révèlent la fragilité de la chaîne d’approvisionnement mondiale. Les patients en sont les premières victimes, confrontés à des retards de traitement ou à des alternatives moins efficaces, parfois plus risquées. Ces tensions affectent aussi les laboratoires, distributeurs et pharmaciens. Les causes sont multiples : délocalisation de la production, dépendance à la sous-traitance, déséquilibre entre offre et demande, contraintes réglementaires ou inflation. Un seul maillon défaillant suffit à perturber tout le système. Les médicaments dits « matures », essentiels mais peu rentables, sont les plus touchés. Pour y remédier, les pouvoirs publics multiplient les mesures, mais il est crucial de diversifier les sources, de relocaliser la production, d'ajuster les prix et de renforcer la coopération européenne et internationale pour garantir un accès durable aux traitements.

Cette thèse explore la modélisation, la conception, la caractérisation et l’encapsulation d’amplificateurs optiques intégrés sur nitrure de silicium, utilisant des guides d’ondes en alumine dopée à l’erbium, dans le cadre du projet européen OPHELLIA. Une étude spectroscopique des ions erbium a permis de développer un modèle numérique pour analyser l’impact de l’absorption excitée (ESA), du transfert d’énergie vers le haut (ETU) et de l’extinction de l’émission (quenching) sur les performances des amplificateurs, ainsi que pour estimer les paramètres optimaux afin de maximiser le gain. La première fabrication de circuits photoniques intégrés (PIC) à amplificateurs dopés à l’erbium (EDWA) a révélé des gains en petit signal de 4,5 dB et 18 dB sur puce et sur la section active, respectivement. Une optimisation du design a ensuite permis d’atteindre des gains de 15,2 dB, 19,1 dB et 24,4 dB, avec des puissances maximales de 110 mW, 180 mW et 330 mW, respectivement. L’encapsulation des puces dans un boîtier de dimensions 53 x 45 x 11 mm3 a abouti à un gain de 15 dB et une puissance maximale de 30 mW en sortie.

Le sommeil joue un rôle clé dans le développement neurologique du nouveau-né. Chez les prématurés, sa qualité et son organisation indiquent précocement la maturation cérébrale et le risque de troubles. Dans les Unités de Soins Intensifs Néonatals (USIN), l’évaluation des états de sommeil est essentielle, mais les méthodes traditionnelles, basées sur l’observation ou la polysomnographie, restent lourdes et peu adaptées à un suivi continu. De nombreuses études ont proposé des méthodes automatiques utilisant des signaux physiologiques ou comportementaux, mais leur robustesse, interprétabilité et généralisabilité sont limitées. Ces travaux de thèse développent une chaîne complète pour classifier les états de sommeil, avec un focus sur le Sommeil Calme (SC), stade clé du développement. La méthode inclut : i) l’extraction de caractéristiques à partir de trois modalités (ECG, respiration, mouvements) ; ii) une classification non supervisée pour l’aide à l’annotation du SC ; iii) un modèle supervisé compact et interprétable pour estimer le SC et distinguer trois stades (SC, sommeil non calme, éveil). Les résultats montrent une bonne concordance avec les annotations d’experts pour le SC, tandis que la classification de trois stades nécessite encore des améliorations. Cette approche ouvre la voie à un suivi automatique et non invasif du sommeil des prématurés, notamment du SC.

L'épilepsie touche environ 1 % de la population mondiale, et environ 30 % des patients épileptiques souffrent d'épilepsie pharmacorésistante (DRE). Les techniques de stimulation électrique, notamment la stimulation cérébrale profonde (DBS) et la stimulation transcrânienne à courant continu (tDCS), sont apparues comme des stratégies thérapeutiques alternatives pour ces patients. Cependant, les mécanismes par lesquels ces interventions produisent des effets bénéfiques restent mal compris. La modélisation informatique est devenue un outil précieux pour comprendre les mécanismes sous-jacents à ces troubles neurologiques. L'objectif principal de cette thèse est de développer des modèles informatiques afin d'améliorer notre compréhension des effets post-stimulation de la neuromodulation électrique, en particulier les changements neuroplastiques qu'elle induit. À cette fin, nous avons développé un nouveau modèle de masse neuronale thalamocorticale qui intègre la plasticité synaptique à court terme et l'activation des récepteurs extrasynaptiques. Ce modèle explique la suppression dépendante de la fréquence de l'activité interictale observée dans la dysplasie corticale focale après une stimulation thalamique. En outre, nous avons étudié les effets de la stimulation par courant continu (DCS) à l'aide d'une modélisation de la masse neuronale, en examinant comment la stimulation influence les changements neuroplastiques pour différentes fréquences de pics interictales dans les réseaux épileptogènes.En résumé, ce travail propose des mécanismes potentiels sous-jacents aux effets thérapeutiques de la stimulation électrique et présente un cadre de modélisation pour étudier les réponses neuroplastiques associées à de telles interventions dans l'épilepsie.

Des récoltes de champignons sont organisées chaque année au cours des enseignements de mycologie à la Faculté de Pharmacie de Rennes. Au cours de cette thèse, douze années de récoltes mycologiques, de 2012 à 2023, ont été recensées : 3499 espèces ont été cueillies représentant 265 espèces différentes et 67 genres. L’analyse des espèces récoltées a été faite à partir de tableaux de récoltes réalisés chaque année par les enseignants en mycologie. Les espèces ont été classées et regroupées chacune dans un tableau par genre de champignons et ces genres ont été analysés par paillasse pour suivre la disposition faite en salle de travaux pratiques. Pour les genres les plus courants un histogramme en bâton a été créé afin de mettre en évidence ceux qui prédominent au fil du temps. Sur ces histogrammes, la comestibilité/toxicité est également représenté à chaque fois pour souligner les risques potentiels liés à leur consommation. Au total, il a été recensé 61 espèces comestibles, 166 à rejeter, 27 toxiques, 5 comestibles bien cuites mais toxiques crues et 6 mortelles. Ce travail de recensement a permis de voir les genres prédominants, ce qui a conduit, dans la deuxième partie, à la création de fiches descriptives détaillant les caractéristiques générales de chaque genre. Au total 32 fiches ont été réalisées, présentant chacune une description commune du genre (chapeau, hyménophore, chair, pied, habitat, comestibilité). Puis, six affiches à visée pédagogique ont été élaborées : trois d’entre elles illustrent l’anatomie du champignon, en se concentrant respectivement sur le chapeau, sur l’hyménophore et sur le pied ; une autre explique la réalisation d’une sporée ; et enfin deux autres affiches, résument les principaux syndromes d’intoxications à latence courte et à latence longue. L’objectif de ces fiches et affiches est d’aider les étudiants en Pharmacie dans leur apprentissage au cours des enseignements de mycologie.

L’ablation par cathéter est actuellement la seule méthode curative pour traiter les arythmies cardiaques. Elle nécessite une étude électrophysiologique longue et invasive pour détecter les cibles d'ablation. Dans ce contexte, l’Imagerie ÉlectroCardioGraphique (IECG) constitue une alternative non invasive prometteuse, permettant de reconstruire des cartographies 3D de l’activité électrique du cœur à partir de signaux ECG de surface et de données anatomiques issues d’imageries médicales (IRM ou scanner). Cette approche vise à localiser plus précisément les zones à ablater. Toutefois, l’IECG requiert la résolution d’un problème inverse mal posé, rendant la solution instable et non unique. Pour résoudre ce problème, il est indispensable de le régulariser en utilisant un choix adéquat des hyper-paramètres. Dans un premier temps, une analyse comparative des méthodes existantes de sélection de ces hyper-paramètres est réalisée. Dans un second temps, de nouvelles approches basées sur le principe de contradiction ont été proposées pour différents a priori, donnant naissance à des méthodes IECG automatiques. Une évaluation sur données réalistes générées par un modèle cœur-torse basse résolution et sur quelques jeux de données réelles a été réalisée mettant en évidence les avantages et limites de chaque méthode.

L’infection par le VIH peut avoir de graves répercussions sur la santé de la mère et de l’enfant à naître. Le virus peut être transmis à l’enfant au cours de la grossesse, de l’accouchement ou encore pendant l’allaitement. Toutefois, grâce aux mesures de prévention et à l’utilisation des traitements antirétroviraux, le risque de transmission materno-fœtale peut être considérablement réduit. Il est donc essentiel de promouvoir le dépistage précoce du VIH chez les femmes enceintes. Par ailleurs, le rôle du pharmacien d’officine s’avère de plus en plus déterminant dans le suivi de la femme enceinte, notamment à travers l’entretien de grossesse et la vaccination. Il occupe ainsi une place centrale dans la prévention et l’accompagnement de ces patientes.

Ces travaux ont été consacrés à l’approfondissement de l’étude des sulfures d’uranium binaires et ternaires, afin de mieux comprendre leurs propriétés physiques. Les spectroscopies des rayons X à haute résolution (HERFD-XANES, RXES, RIXS) ont permis de déterminer la valence de l’uranium, avec une prédominance de l’état U⁴⁺ mais aussi la confirmation de valences mixtes U³⁺/U⁴⁺, et de confirmer le caractère plus covalent de la liaison U-S que celui de la liaison U-O. L’étude a ensuite été étendue aux sulfures ternaires U₈TMS₁₇, AN₂FeS₅, UTMS₃ et UₙCu₂S₃ₙ₊₁ (n = 3, 6) (TM = Sc - Ni et Ba ; AN = Th et U), révélant dans certains cas la stabilisation d’une valence mixte U³⁺/U⁴⁺ en présence de TM³⁺. La caractérisation de la chaleur spécifique et de la résistivité électrique de ces matériaux a pour la première fois été rendue possible grâce à la densification par frittage SPS, ce qui a permis de compléter les mesures magnétiques. Ces résultats mettent en évidence une diversité de comportements magnétiques, allant du paramagnétisme de Curie-Weiss à des ordres coopératifs ou ferrimagnétiques complexes.

Au cours des dernières décennies, le chien (Canis lupus familiaris) est devenu un modèle de choix pour l'étude des maladies génétiques complexes, grâce à sa diversité phénotypique, fruit d'une domestication ancienne et d'une sélection artificielle intense conduisant à la formation de plus de 400 races modernes, véritables isolats génétiques. Cette thèse porte sur la dysplasie coxo-fémorale (DCF), une affection multifactorielle débilitante du développement articulaire et homologue à la dysplasie développementale de la hanche (DDH) chez l'humain. Plus de 700 chiens ont été séquencés à faible couverture puis imputés afin d'identifier, par analyse d'association pangénomique (GWAS), des loci associés à la DCF. Deux outils bio-informatiques ont été développés : la librairie R Pedixplorer pour le traitement des pedigrees complexes et le pipeline nf-core/phaseimpute consacré à l'imputation de génotypes. La combinaison de GWAS intra- et inter-races avec des annotations fonctionnelles et une comparaison à la littérature sur la DDH humaine nous a permis de mettre en évidence une vingtaine de loci candidats. Ce travail, mené en partenariat avec l'ACGAO et la Fondation VISIO, ouvre la voie à un futur test génétique de risque dont le développement se poursuivra dans une thèse ultérieure.