Les nouvelles technologies en science de la vie et la diminution de leur coût a eu pour effet de générer une très grande quantité de données hétérogènes, et lors d’analyses combinées il convient de mettre en œuvre une analyse multi-omique adaptée en terme d'intégration de données mais aussi de requêtage. Nous avons choisi d'utiliser les technologies du Web Sémantique pour proposer de nouvelles méthodes pour aborder ces deux défis. Ce travail s'inscrit dans le cadre du projet ENDOVIRE qui vise à comprendre les régulations entre le génome d'une guêpe parasitoïde et les élévents viraux intégrés à celui-ci. La première méthode présentée dans cette thèse vise à proposer un schéma d'intégration de données multi-omiques qui soit assez générique pour être réutilisé par différentes études, et facilement requêtable. Cette méthode a été appliquée au dataset du projet ENDOVIRE. Notre deuxième contribution est de proposer une approche modulaire pour la créationde requêtes SPARQL complexes, permettant de s'affranchir de la technicité du langage et de se concentrer sur la question à poser. Nous avons appliqué cette méthode au projet ENDOVIRE ainsi qu'à une base plus importante et plus complexe : la base de connaissances UniProt.

Les espèces radicalaires ont récemment émergé comme une voie prometteuse dans la conception de matériaux organiques. Toutefois, la stabilité des radicaux demeure un défi majeur à surmonter pour leur intégration effective dans ces matériaux. Les radicaux organiques présentant une inversion SOMO–HOMO (SHI) suscitent un intérêt croissant en raison de leur configuration électronique singulière et de leurs propriétés optiques et électroniques originales. Cette configuration, dans laquelle la SOMO est plus basse en énergie que la HOMO, apparaît comme une alternative innovante pour la stabilisation des radicaux, ainsi qu'une nouvelle approche pour concevoir des radicaux organiques persistants. Néanmoins, la relation entre l’inversion SHI et la stabilité radicalaire reste une question non résolue. Cette thèse s’inscrit dans la volonté d’apporter des éléments de réponse à cette problématique, à travers la synthèse et l’étude de plusieurs familles de radicaux dérivés du 3-méthoxycarbazole et du bicarbazole, choisis pour leur capacité à combiner délocalisation électronique, stabilité chimique et chiralité structurale. L’oxydation chimique ou électrochimique de ces systèmes a permis d’accéder à des radicaux cationiques persistants. Deux architectures principales ont été explorées : les dimères polyynes et les carbazoles phénylimides. L’étude de ces designs moléculaires a permis d’approfondir notre compréhension des critères essentiels à la stabilisation des radicaux organiques.

La cryptographie post-quantique a gagné en importance ces dernières années, motivée par la menace que les ordinateurs quantiques font peser sur les systèmes cryptographiques classiques . Bien que le NIST ait standardisé plusieurs schémas de chiffrement à clé publique et de signature numérique post-quantiques, il subsiste un fossé important dans notre compréhension des primitives cryptographiques avancées dans ce contexte. Parmi celles-ci, les signatures à seuil se distinguent comme une primitive particulièrement importante ; elles permettent à un groupe de participants de produire conjointement une signature valide, offrant ainsi une résilience face aux défaillances et au compromis partiel. Alors que les schémas de signature à seuil classiques ont atteint un stade de maturité et sont déployés, le développement de schémas de signature à seuil post-quantiques pratiques demeure un défi ouvert. Les constructions proposées manquent souvent de robustesse face aux participants malveillants, d'une génération de clé distribuée efficace, et de compatibilité avec les standards émergents. Cette thèse fournit une boîte à outils complète pour la conception et le déploiement de signatures à seuil pratiques basées sur les réseaux euclidiens. Premièrement, nous établissons les fondations de la robustesse, en introduisant des techniques de génération de clé distribuée et de signature qui garantissent la création d'une signature valide même en présence de participants malveillants. Ensuite, nous nous tournons vers un protocole radicalement plus efficace, permettant l'identification des abandons (identifiable aborts), une propriété qui permet de détecter les comportements malveillants plutôt que de les prévenir. Finalement, nous présentons de nouvelles idées pour répondre au défi de compatibilité avec les standards, en présentant la première version à seuil pratique de ML-DSA.

Les maladies rares sont souvent d’origine génétique et nécessitent une analyse conjointe des phénotypes cliniques et des variants génomiques pour améliorer le diagnostic. Les comptes rendus médicaux contiennent des informations phénotypiques riches, mais leur nature textuelle non structurée rend leur exploitation automatique difficile. Cette thèse propose un cadre pour extraire et normaliser automatiquement des phénotypes à partir de textes cliniques et les relier aux données génétiques. Nous développons une pipeline comprenant la construction de corpus cliniques, un filtrage de phrases orienté rappel, et une normalisation basée sur des architectures bi-encodeur et cross-encodeur alignées avec la Human Phenotype Ontology. Les méthodes sont évaluées sur des données cliniques du CHU de Rennes afin d’analyser leur impact sur la priorisation de gènes dans le contexte des maladies rares. La plateforme ACUITEE permet en outre la validation et la correction interactive des annotations par des experts.

Les foules denses représentent des environnements complexes où les interactions physiques peuvent conduire à des situations dangereuses. Cette thèse développe un cadre de simulation physique pour modéliser la récupération d'équilibre humain dans les foules denses et leur rôle dans l'apparition de phénomènes large échelle. Trois approches sont proposées : une méthode de contrôle basée sur des principes biomécaniques pour simuler les stratégies de pas ; des méthodes d'apprentissage par imitation utilisant l'apprentissage par renforcement pour améliorer la généralité ; et une extension multi-agents via l'apprentissage par transfert, introduisant une heuristique pour les contacts des mains. Les résultats démontrent que notre approche reproduit les comportements observés expérimentalement, à un niveau de détail jamais exploré auparavant dans la simulation de foule, ouvrant de nouvelles perspectives pour la sécurité publique et l'urbanisme.

L'ingénierie système est un domaine de l'ingénierie qui traite de la conception, du développement et de l'exploitation de systèmes tels que les avions, les engins spatiaux, les automobiles, etc. Ce domaine implique de nombreuses parties prenantes qui adressent de multiples aspects d'un système (architecture, simulation, gestion des exigences, etc.) tout au long de son cycle de vie. Au fil du temps, la complexité des systèmes augmente constamment, émergeant désormais non seulement des parties elles-mêmes mais aussi des interactions entre les différents composants du système. Parallèlement, les pratiques d'ingénierie ont évolué du développement de systèmes à partir de zéro vers la réutilisation et l'amélioration de composants existants pour construire de nouvelles versions de systèmes. De plus, un nombre croissant de normes telles que les standards environnementaux ou de sécurité doivent être respectées, nécessitant leur validation par rapport au système pour identifier leurs impacts éventuels. Cependant, les pratiques d'ingénierie système reposent fortement sur des documents informels rédigés en langage naturel pour décrire le système et ses différents aspects. Elles dépendent également de processus séquentiels (par exemple conception, ingénierie, intégration, validation, exploitation) tout au long du cycle de vie du système, avec une prise de décision synchrone. Ces processus ont été initialement conçus pour gérer correctement la complexité du système et les injonctions contradictoires interdisciplinaires en cloisonnant les différentes disciplines impliquées. Néanmoins, ils empêchent désormais le domaine de gérer correctement les besoins des systèmes actuels. En effet, cela nécessite plus de flexibilité, des cycles d'itération plus courts, une prise de décision asynchrone, et davantage de travail interdisciplinaire et transdisciplinaire malgré l'hétérogénéité inhérente des experts, des disciplines et de la nature physique des systèmes eux-mêmes. Pour relever ces défis, l'ingénierie système transite vers deux paradigmes complémentaires. Premièrement, l'ingénierie système basée sur les modèles (ISBM) a été proposée pour remplacer les documents par des modèles intégrés explicites. Ces modèles représentent les préoccupations du système à un niveau d'abstraction donné décrit à travers des langages de modélisation dédiés. L'utilisation de ces langages permet de réduire l'ambiguïté et de fournir des capacités de vérification formelles et automatiques tout en offrant un environnement de modélisation riche pour la gestion des modèles. L'ISBM fournit ainsi une réponse dans l'espace technique aux défis en permettant de connecter différentes préoccupations du système, conduisant à une meilleure compréhension du système. Concernant l'espace méthodologique, l'ingénierie système adopte des méthodes d'ingénierie continue. Le domaine vise à faire exécuter les différentes phases du cycle de vie de manière itérative, avec une intégration, des tests et un déploiement continus tout au long du processus de développement. Cela permet des cycles d'itération plus courts, un retour d'information précoce et une meilleure réactivité aux exigences changeantes. De nombreuses approches existent tant dans la littérature que dans la pratique pour assister ces transitions. La plupart d'entre elles se concentrent sur un seul des deux paradigmes : soit des outils basés sur les modèles pour soutenir les parties prenantes et connecter les données d'ingénierie, soit de nouvelles méthodes d'ingénierie continue adaptées à l'ingénierie système. Cependant, ces approches sont insuffisantes pour relever les défis du domaine. Premièrement, les experts indiquent que les ateliers de modélisation sont difficiles à utiliser et présentent une faible utilisabilité au niveau individuel. Cela impacte la productivité des experts car ils doivent passer du temps à apprendre et utiliser les outils plutôt qu'à se concentrer sur leurs préoccupations d'ingénierie principales, ce qui devient un goulot d'étranglement pour atteindre des cycles d'itération plus rapides. Deuxièmement, les espaces techniques et méthodologiques ne sont pas décorrélés : un changement technique peut impacter les choix méthodologiques, et vice versa. Par exemple, la modification d'un modèle par une partie prenante peut impacter les modèles d'autres disciplines, les obligeant à modifier leurs propres modèles pour assurer la cohérence du système. Cela appartient à l'espace méthodologique et constitue un défi au niveau collectif. Dans cette thèse de doctorat, nous proposons des approches d'ingénierie augmentée pour assister la transition vers l'ingénierie système basée sur les modèles et l'ingénierie continue tout en considérant à la fois l'utilisabilité de l'environnement de modélisation au niveau individuel et la corrélation entre espaces technique et méthodologique au niveau collectif. Notre contribution se divise en deux parties principales adressant ces niveaux respectifs. Premièrement, au niveau individuel, nous proposons une nouvelle approche pour améliorer l'utilisabilité des ateliers de modélisation en intégrant des fonctionnalités interactives adaptées aux langages. Ces fonctionnalités sont spécialisées pour un langage dédié (DSL \emph{Domain-Specific Language}) et améliorent la lisibilité, la navigation et l'édition des modèles. Pour atteindre cet objectif, nous proposons d'étendre les ateliers de conception de langages, qui sont des outils conçus pour développer systématiquement des environnements de modélisation pour les experts de domaine. Plus spécifiquement, nous proposons un nouveau méta-langage pour définir de telles fonctionnalités. Ce nouveau méta-langage s'appuie sur les autres métamodèles du DSL conçu, tels que la syntaxe abstraite et la syntaxe concrète, pour permettre la définition de telles fonctionnalités dédiées. Deuxièmement, au niveau collectif, nous proposons une approche pour soutenir la collaboration sociotechnique en ingénierie système en adressant les aspects techniques et méthodologiques de la transition vers l'ingénierie continue. Plutôt que de fournir de nouveaux outils et méthodes, notre approche cherche à combler le fossé entre ces deux dimensions en connectant les outils existants aux méthodes existantes. L'approche comprend trois composants interconnectés qui décrivent les données collaboratives, l'intégration des outils impliqués dans le processus de collaboration et les workflows (flux de travaux) de collaboration eux-mêmes. Il permet la spécification de phases d'orchestration qui définissent les dépendances entre modèles, de phases de contribution qui établissent les conditions d'acceptation pour les nouvelles versions de modèles, et de phases d'intégration qui valident la cohérence des modèles composés. À travers cette approche, nous pouvons décrire différents workflows de collaboration augmentés par des outils pour permettre une prise de décision asynchrone et un développement parallèle à travers des disciplines d'ingénierie hétérogènes tout en maintenant la traçabilité entre les modèles d'architecture système, les exigences et les modèles de simulation. Nous évaluons les deux contributions à travers des cas d'usage représentatifs. Pour la contribution sur l'interactivité, nous démontrons la faisabilité à travers deux études de cas : un petit DSL personnalisé et SysML v2, un standard industriel pour l'ingénierie système. Ces études de cas montrent que notre approche passe à l'échelle des langages simples aux langages complexes. L'évaluation des performances confirme que les fonctionnalités interactives restent réactives même dans des environnements de modélisation distribués. Pour la contribution sur la collaboration, nous proposons un protocole d'évaluation basé sur le système AIDA de l'IRT Saint Exupéry, un système cyber-physique réaliste intégrant plusieurs disciplines d'ingénierie. Ce protocole valide la capacité de l'approche à supporter des workflows de collaboration séquentiels et parallèles tout en maintenant la continuité entre les modèles d'architecture, les exigences et les simulations. À l'état actuel du travail, l'évaluation est encore en cours.

L'une des questions clés en astrophysique de laboratoire consiste à comprendre comment la complexité moléculaire se développe dans les environnements astrophysiques. Ce travail explore les processus physiques et chimiques présumés en phase gazeuse, à basse température. Les expériences ont été menées à l'aide de la technique CRESU (Cinétique Réactive en Écoulement Supersonique Uniforme) combinée à la spectrométrie de masse, et complétés par des calculs ab initio. Une première partie est consacrée à l'étude des réactions ion-molécule à basse température (jusqu'à 24 K) à l'aide d'une variante équipée d'une source d'ions sélective. Nous avons confirmé que les collisions avec Ar⁺, comme d'autres ions de gaz nobles, conduisent à la fragmentation des petits hydrocarbures CH₄ et C₂H₄. En revanche, nous avons démontré que CH₃⁺ favorise la croissance moléculaire lorsqu'il réagit avec CH₄, C₂H₂, C₂H₄ et, dans une moindre mesure, C₃H₄. L'impact de l'intégration des données dans un modèle chimique d'un nuage interstellaire dense reste toutefois limité. Une deuxième partie se concentre sur l'étude des processus de nucléation en phase gazeuse à l'aide de l'instrument CRESUSOL, qui combine la méthode CRESU avec le rayonnement synchrotron. Nous avons montré ici qu'un excès de propane C₃H₈ accélère la nucléation du benzonitrile C₆H₅CN. Plusieurs mises à jour expérimentales du CRESU-SIS sont ensuite décrites. De nouveaux développements instrumentaux, notamment basés sur une source d'ions Aerospike, sont proposés. Enfin, les perspectives de rechercher, centrés sur la chimie des anions, sont évoquées.

Nos travaux portent sur le développement de modèles d’apprentissage profond pour la détection de spoofing vocal, dans le but d’améliorer la vérification du locuteur et de prévenir les usurpations d’identité. Nous commençons par définir le domaine dans lequel s’inscrit cette thèse, avec un focus particulier sur la parole, puis présentons un état de l’art permettant d’identifier les limites actuelles que nous avons cherché à dépasser. Nos contributions se concentrent sur l’exploration de représentations issues de modèles de fondation en parole comme front-end pour l’extraction de caractéristiques, ainsi que sur leur interaction avec des modèles back-end à l’état de l’art afin d’apprendre à distinguer les signaux authentiques des spoofings. Enfin, nous simplifions la chaîne de traitement en réduisant la taille du back-end tout en obtenant de meilleures performances que des modèles de plus grande capacité. Nous concluons par une synthèse de nos travaux et de nos résultats, avant de proposer des perspectives permettant de repousser les limites rencontrées au cours de cette thèse.

La littérature s’accorde sur le caractère mitigé du bilan des réformes engagées sous le prisme du Nouveau Management Public (Weller & Woods, 1999). Si les causes d’échec ont été largement étudiées, on sait peu de choses sur les interactions et la hiérarchisation des facteurs de succès ou d’échec (Stimec & Combes-Joret, 2019). C’est pourquoi la présente recherche se penche sur les facteurs d’efficacité du Nouveau Management Public (NMP). La démarche d’étude de cas multiples (Yin, 2009) permet d’identifier sept variables pour évaluer huit réformes camerounaises entre 2000 et 2025. Elle mobilise les théories des parties prenantes (Freeman, 1984) et de la traduction (Callon, 1986). À partir d’une analyse documentaire et de contenu de 49 entretiens semi-directifs, l’approche cognitive interprétativiste montre que seules trois des huit réformes sont relativement efficaces, grâce à la structure bureaucratique. Ce résultat peut sembler contradictoire, car on pensait que la bureaucratie était inefficace (Hood, 1976), ce qui avait conduit à l’adoption du NMP. Pourtant, la bureaucratie n’a pas été rejetée, mais a plutôt été hybridée, révélant une variété d’adaptations contextuelles. Ainsi, le succès des réformes inspirées du Nouveau Management Public dépendrait de la combinaison d’une bureaucratie flexible à la mode « libérale » et du rôle joué par les « traducteurs » des réformes. Ce résultat contraste avec la littérature et replace la bureaucratie au cœur du processus des réformes.

Les Lois Fondamentales d’Ancien Régime demeurent encore aujourd’hui relativement insaisissables. Elles n’en restent pas moins le soubassement juridique qui aura favorisé la prospérité de la monarchie Capétienne pendant près de huit cent ans. A la convergence de ces deux constats, il apparaît intéressant d’interroger leur capacité à dépasser leur ancien cadre historique pour appréhender la pensée libérale moderne. Cette démarche, essentiellement prospective, répond en réalité à la nature profonde de ces Lois du Royaume. Essentiellement coutumières, elles procèdent en effet d’une philosophie particulière qui appelle la règle de droit à s’adapter en permanence à l’environnement sur lequel elle se déploie. Sur le plan institutionnel cela peut revenir à questionner leur propension à assimiler les critères juridiques du constitutionnalisme. Relativement insoluble, cette problématique ne reste toutefois pas sans offrir quelques pistes de réponses. D’abord en appréhendant la complexité politique et sociale de l’ancienne France, puis en la confrontant à notre riche histoire constitutionnelle. S’il reste effectivement possible de déceler certains germes de modernité au sein de l’ancien ordre public, c’est sans doute à travers l’étude des Constitutions écrites et du regard de ceux qui les ont faites entre 1791 et 1958.