Des enquêtes européennes ont révélé la présence de quantités excessives d'ammoniums quaternaires et de chlorates, notamment dans le lait et les produits laitiers. Si pour les AQs, la contamination est liée à leur usage, la problématique des chlorates vient de l’utilisation de désinfectants à base de chlore qui engendre la formation de ces sous-produits chlorés. En conséquence, le consommateur pourrait les ingérer et être exposé à un risque toxicologique. Par ailleurs, les méthodes d'autocontrôle actuellement utilisées dans l'industrie ne respectent pas la limite maximale de résidus (100 µg/kg) autorisée. Pour répondre à ces problématiques, des biocapteurs enzymatiques électrochimique et colorimétrique pour la détection des ammoniums quaternaires dans une solution tampon ont été développés. Pour les chlorates, dans l’eau du robinet, une méthode spectrophotométrique a été développée et validée. Les résultats de cette thèse montrent que les (bio)capteurs sont des outils analytiques prometteurs pour l’autocontrôle, car ce sont des outils portables, rapides, peu onéreux et qui atteignent la LMR.