Epidémiologie clinique et moléculaire des bactériémies à Streptocoques du complexe « bovis » (de 2014 à 2016) : apport de l’identification par MALDI TOF

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Epidémiologie clinique et moléculaire des bactériémies à Streptocoques du complexe « bovis » (de 2014 à 2016) : apport de l’identification par MALDI TOF
(Clinical and molecular epidemiology of Streptococci bovis complex 's bacteremia (2014 to 2016) : input MALDI TOF identification)

Courtellemont, Laura - (2016-11-21) / Universite de Rennes 1 - Epidémiologie clinique et moléculaire des bactériémies à Streptocoques du complexe « bovis » (de 2014 à 2016) : apport de l’identification par MALDI TOF

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Langue : Français

Directeur(s) de thèse: Piau, Caroline

Discipline : Pharmacie

Classification : Médecine et santé

Mots-clés : Bactériémies, Streptocoques du complexe bovis/equinus, MALDI-TOF MS, séquençage sodA, cancer colorectal

Bactériémie - Épidémiologie - Thèses et écrits académiques
Streptococcus equinus - Thèses et écrits académiques
Cancer colorectal - Thèses et écrits académiques
Spectroscopie de masse - Thèses et écrits académiques

Résumé : La taxonomie des Streptocoques du groupe D (SGD) a subi de récentes modifications qui peuvent parfois confondre les cliniciens notamment pour rechercher une porte d’entrée adaptée lors du bilan d’une bactériémie. Si l’association Streptococcus gallolyticus subsp gallolyticus (« SGG ») avec un cancer colorectal est à présent largement établie, l’isolement d’autres espèces proches « non-SGG » (S.lutetiensis, S.pasteurianus, S.infantarius) peut également être révélateur de cancers digestifs. Le but de ce travail réalisé sur des souches isolées au CHU de Rennes est de déterminer si l’identification par MALDI TOF est suffisamment discriminante entre les « SGG » et les « non-SGG » pour guider le bilan de porte d’entrée. L’identification de ces souches par MALDI-TOF (BrukerBiotyper et VitekMS) a été comparée à celle obtenu par séquençage du gène sodA. Les caractéristiques démographiques et cliniques des patients (n=37) incluant les comorbidités, la recherche de pathologie cancéreuse, digestive ou autres ont été précisées et leurs liens avec un isolement à SGG ou non-SGG ont été analysés. Sur le plan clinique, SGG est plus fréquemment retrouvé lors d’une endocardite (p<0.05). Un lien existe également entre SGG et une néoplasie colique (48% d’adénomes chez SGG vs 6% chez non SGG ; p=0,01). Par contre, la coloscopie n’a été réalisée que pour 23/37 patients en raison de la fragilité des terrains (âge et comorbidités). L’identification des espèces en utilisant les deux techniques de MALDI-TOF était concordante pour 100 % des SGG (n=21) et 100 % des S.lutetiensis (n=4). En revanche, la base de donnée Bruker® permet une identification à l’espèce de S.pasteurianus (n=7), alors que S.infantarius (n=5) est uniquement identifiée par la base de donnée VITEK MS®. Aux vues des récents changements taxonomiques, la confrontation clinico-biologique est indispensable pour guider la recherche étiologique de la bactériémie. Le lien entre l’isolement d’un SGG avec la présence d’une néoplasie colique nécessite une recherche spécifique de la porte d’entrée, et leur identification par spectrométrie de masse MALDITOF permet de les différencier rapidement des autres espèces non-SGG.

Abstract : Taxonomy of group D Streptococci (GDS) has changed recently, clinicians should be lost to find suitable bacteremia’s entry point. If the link between Streptococcus gallolyticus subsp gallolyticus (« SGG ») and colorectal cancer is highlighted, isolation of others clothers species « nSGG » (S.lutetiensis, S.pasteurianus, S.infantarius) can be also showed digestive cancers. The aim of the study on strains isolated in University Hospital of Rennes is to evaluate MALDI TOF performance to discriminate GDS subspecies. Mass spectrometry identification was performed on BrukerBiotyper and VitekMS, then compared with sodA gene sequencing. Demographic and clinical data were collected on 37 patients, including risk factors, research of cancers, digestive or others. The link between SGG ornSGG was analysed. An association between SGG and IE was statistically significant (p<0, 05). It is noticeable that in the SGG group, adenoma were more frequent (48% in the SGG group versus 6% in the nSGG group; p=0,01). On the other hand, colonoscopy has been performed in 23/37 patients because of fragile clinical status (age and comorbidity). With 2 instruments MALDI TOF, identification was reliable for 100% of SGG (n=21) and 100% of S.lutetiensis (n=4). On the other side, Bruker was reliable to discriminate S.pasteurianus (n=7), while VITEK MS showed 100% accuracy to identify S.infantarius (n=5). About the new nomenclature, the discussion between clinicians and microbiologist must be essential to guide correctly screening tests after bacteremia. The link between SGG with colorectal cancer needs a specific research bacteremia’s entry point, and MALDI TOF identification allows to discriminate of others subspecies nSGG, quickly.