Université de Rennes 1 Classification et caractérisation de familles enzymatiques à l'aide de méthodes formelles Classification and characterization of enzymatic families with formal methods bioinformatiqueenzymefamilleinférence grammaticalegrammaire algébriquesubstituabilitéanalyse de concepts formels bioinformaticsenzymefamilygrammatical inferencecontext-free grammar, substitutabilityformal concept analysis BioinformatiqueThèses et écrits académiques EnzymesThèses et écrits académiques Méthodes formelles (informatique)Thèses et écrits académiques Cette thèse propose une nouvelle approche de découverte de signatures de familles (et superfamilles) d'enzymes. Dans un premier temps, étant donné un échantillon aligné de séquences appartenant à une même famille, cette approche infère des grammaires algébriques caractérisant cette famille. Pour ce faire, de nouveaux principes de généralisation et de nouvelles classes de langages ont été introduites sur la base de la substituabilité locale. Un algorithme a également été développé à cet effet qui produit une grammaire réduite, conservant la structuration des exemples, d'un langage substituable. Dans un second temps, ce manuscrit présente une méthode de classification des séquences d'une superfamille en familles à l'aide d'une analyse de concepts formels basée sur l'alignement des séquences qui permet la détection de nouvelles familles et la découverte des motifs fonctionnels pour améliorer les signatures précédentes. This thesis proposes a new approach to discover signatures of families (and superfamilies) enzymes. At first, given a sample of aligned sequences belonging to the same family, this approach infers context-free grammars characteristic of this family. To do this, new principles of generalization and new classes have been introduced based on substitutability. An algorithm has also been developed for this purpose, which produces a reduced grammar able to retain the structure of examples. In a second step, this manuscript presents a method for classification of a superfamily sequences into families with a formal concept analysis based on alignement sequences allowing detection of new families and the discovery of patterns to improve functional previous signatures. Electronic Thesis or DissertationText fr application/pdf1 : 3210 Kohttps://ecm.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/a9181a2d-a986-4b61-939e-0b47cb9970ba Garet Gaëlle 1988-03-16 FR 183459792 gaelle.garet@gmail.com 2014REN1S082 http://www.theses.fr/2014REN1S082 2014-12-16 Informatique Université de Rennes 1thesis.degree.grantor_1 02778715X Doctorat non ouiNicolasJacquesintervenant_1116276142CosteFrançoisintervenant_2133160203 Mathématiques, informatique, signal, électronique et télécommunicationsecoleDoctorale_1 139007164 IRISApartenaireRecherche_1 026386909 Université européenne de BretagnepartenaireRecherche_2 139075119 ddc:004 NicolasJacquesCosteFrançoisUniversité de Rennes 1Sciences et technologie, médecine, pharmacie, odontologie, droit, économie, gestion, philosophieMathématiques, informatique, signal, électronique et télécommunicationsÉcole doctorale Mathématiques, informatique, signal, électronique et télécommunications (Rennes)IRISAUniversité européenne de Bretagne ASCII PDF 3287339