SCD-Universite de Rennes 1 Étude des protéines de liaison à l'ARN des familles PTB et ARE-BP au cours du développement chez le xénope Function of RNA binding proteins of the PTB and the ARE-BP families during Xenopus development Protéines de liaison à l'ARNPTBARE-BPBiologie du développementXénopeSéquençage d'ARN RNA SequencingRNA-binding proteinsDevelopmental biologyXenopusPost-translational modification Protéines de liaison à l'ARN Thèses et écrits académiques Biologie du développement Thèses et écrits académiques Xénopes Thèses et écrits académiques Transcriptome Thèses et écrits académiques ARN‎ -- Modifications posttranscriptionnelles Thèses et écrits académiques Mes travaux ont porté sur l'étude de deux familles de protéines de liaison à l'ARN, la famille des ARE-BP (AU-rich elements binding protein) et la famille des PTB (Polypyrimidine tract binding protein) au cours du développement chez le xénope. L'étude de l'expression de cinq membres de la famille ARE-BP a mis en évidence une redondance d'expression tissulaire et temporelle entre quatre de ces ARE-BP (AUF1, KSRP, HuR et TIA1). A l'inverse, l'expression atypique de TTP a permis de suggérer son implication dans l'hématopoïèse. Mes travaux sur la famille PTB (PTBP1, PTBP2, PTBP3) ont montré que chacun des paralogues présente une expression spécifique ce qui suggère qu'elles aient des fonctions différentes lors du développement. Des résultats du laboratoire montraient que l'inactivation de PTBP1 ou de EXOSC9, un composant de l'exosome ARN, entraînait des défauts de morphogenèse de l'épiderme dorsal. Afin d'identifier l'origine moléculaire de ces défauts, j'ai réalisé l'analyse transcriptomique par séquençage à haut débit (RNA-Seq) des morphants PTBP1 et EXOSC9. J'ai produit des banques d'ADNc à partir des morphants ou d'embryons témoins et celles-ci ont été séquencées au Génoscope. L'analyse d'une cible connue de PTBP1 a montré que des modifications minoritaires de l'épissage étaient détectées à partir de ces données. De plus ces défauts d'épissage ne sont pas retrouvés dans les morphants EXOSC9, validant son utilisation comme crible additionnel permettant d'exclure les évènements d'épissage qui ne sont pas impliqués dans le défaut d'épiderme. Une approche gène candidat a été initiée afin de cibler l'analyse de transcrits impliqués dans la morphogenèse de l'épiderme dorsale. My work has focused on the function of RNA binding-proteins during early development in Xenopus. I first documented the expression pattern of members of the AU-rich element binding protein (ARE-BP) and of the polypyrimidin tract binding protein (PTB) families during development. Study of the expression patterns of five members of the ARE-BP family (AUF1, KSRP, HuR, TIA1 and TTP) has underlined the broad role and the redundancy of expression of four of these proteins. Conversely, the highly specific expression pattern of TTP in macrophages suggests a potential function for this ARE-BP in hematopoietic development. My study of the PTB family (PTBP1, PTBP2 and PTBP3), has showed that each paralog presents a unique pattern of expression emphasizing their diverse functions during development. From previous work in the lab we knew that morpholino mediated knockdown of both PTBP1 and EXOSC9, a component of the RNA exosome, generated similar defects in the dorsal fin morphology. To identify the molecular origin of these defects we realized the transcriptome analysis by high throughput sequencing (RNA-Seq) of both morphants embryos. I produced cDNA libraries of control and morphant embryos and the sequencing was performed at the Genoscope. Analysis of a known PTBP1 target showed that even modest modifications of alternative splicing could be detected in our data sets. In addition, because these defects are not found in the EXOSC9 morphants it validated its use as an additional screen to exclude splicing events not involved in the epidermal defects. Identification of RNA whose deregulation may be involved in the fin phenotype is currently under study for a set of candidate genes. Electronic Thesis or DissertationText fr application/pdf1 : 8154 Kohttps://ecm.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/3c2d3c97-7e22-459a-8896-8040ab85a5b3 Noiret Maud 1985-02-09 FR 166813788 2012REN1S109 http://www.theses.fr/2012REN1S109 2012-11-30 Biologie Universite de Rennes 1thesis.degree.grantor_1 02778715X Université européenne de Bretagnethesis.degree.grantor_2 139075119 Doctorat non ouiHardySergeintervenant_1063463679AudicYannintervenant_2145356841 Vie-Agro-SantéecoleDoctorale_1 13908620X ddc:570 HardySergeAudicYannUniversite de Rennes 1Sciences et technologie, medecine, pharmacie, odontologie, droit, economie, gestion, philosophieUniversité européenne de BretagnePôle de recherche et d'enseignement supérieur de BretagneVie-Agro-SantéÉcole doctorale Vie-Agro-Santé (Rennes) ASCII PDF 8349976