Université de Rennes Recherche des bases génétiques de la dysplasie coxo-fémorale chez le chien guide comme modèle de la dysplasie développementale de la hanche chez l'humain Genetics basics of hip dysplasia in dogs as a model for the developmental dysplasia of the hip in humans Dysplasie Coxo-FémoraleChienGénétiqueUne seule santéScience OuverteFAIR Hip DysplasiaDogGenetiOne-HealthOpen ScienceFAIR Dysplasie coxofémorale Une seule santé Science ouverte Chien Génétique Au cours des dernières décennies, le chien (Canis lupus familiaris) est devenu un modèle de choix pour l'étude des maladies génétiques complexes, grâce à sa diversité phénotypique, fruit d'une domestication ancienne et d'une sélection artificielle intense conduisant à la formation de plus de 400 races modernes, véritables isolats génétiques. Cette thèse porte sur la dysplasie coxo-fémorale (DCF), une affection multifactorielle débilitante du développement articulaire et homologue à la dysplasie développementale de la hanche (DDH) chez l'humain. Plus de 700 chiens ont été séquencés à faible couverture puis imputés afin d'identifier, par analyse d'association pangénomique (GWAS), des loci associés à la DCF. Deux outils bio-informatiques ont été développés : la librairie R Pedixplorer pour le traitement des pedigrees complexes et le pipeline nf-core/phaseimpute consacré à l'imputation de génotypes. La combinaison de GWAS intra- et inter-races avec des annotations fonctionnelles et une comparaison à la littérature sur la DDH humaine nous a permis de mettre en évidence une vingtaine de loci candidats. Ce travail, mené en partenariat avec l'ACGAO et la Fondation VISIO, ouvre la voie à un futur test génétique de risque dont le développement se poursuivra dans une thèse ultérieure. Over the past few decades, dogs (Canis lupus familiaris) have become a model of choice for the study of complex genetic diseases, thanks to their phenotypic diversity, the result of ancient domestication and intense artificial selection leading to the formation of more than 400 modern breeds, which are true genetic isolates. This thesis focuses on canine hip dysplasia (CHD), a debilitating multifactorial joint development disorder homologous to developmental dysplasia of the hip (DDH) in humans. More than 700 dogs were sequenced at low coverage and then imputed in order to identify loci associated with CHD through genome-wide association studies (GWAS). Two bioinformatics tools were developed: the R Pedixplorer library for exploring complex pedigrees and the nf-core/phaseimpute pipeline for genotype imputation. The combination of intra- and inter-racial GWAS with functional annotations and a comparison with the literature on human DDH enabled us to identify around twenty candidate loci. This work, carried out in partnership with the ACGAO and the VISIO Foundation, paves the way for a future genetic risk test, the development of which will be continued in an upcoming PhD project. Electronic Thesis or DissertationText fren application/pdf1 : 28177 Kohttps://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/078303db-0241-4002-ba24-d2fc7c25b333 Le Nézet Louis 1995-05-06 FR 291942830 louislenezet@gmail.com 2025URENB031 http://www.theses.fr/2025URENB031 2025-11-03 Génétique, génomique et bioinformatique Université de Rennesthesis.degree.grantor_1 26693823X Doctorat non ouiAndréCatherineintervenant_1116239514GéninEmmanuelleintervenant_2114211302AndréCatherineintervenant_1116239514QuignonPascaleintervenant_3073513598DjebaliSarahintervenant_4121163350PerdryHervéintervenant_5069544492TiretLaurentintervenant_6150687737 SVSecoleDoctorale_1 264825152 IGDR partenaireRecherche_1 178579254 ddc:570 AndréCatherineGéninEmmanuelleQuignonPascaleDjebaliSarahPerdryHervéTiretLaurentUniversité de RennesSVS IGDR ASCII PDF 28853412 restriction 2025-11-03 2026-02-03 restriction 2025-11-03 2026-02-03