Université de Rennes Recurrent polyploidy and diploidization in Sporobolus section Spartina (Poaceae, Chloridoideae) genomes Polyploidie et diploidisation récurrentes dans les génomes de Sporobolus section Spartina (Poaceae, Chloridoideae) Duplication génomiqueDiploidisationDysploidieSporobolusSpartina Genome duplicationDiploidizationDysploidieSporobolusSpartina Génomique comparative Polyploïdie Sporobolus Spartina L'histoire évolutive du génome des plantes est ponctuée de cycles de polyploïdisation et de diploïdisation. De nombreux progrès ont été récemment accomplis dans notre compréhension des conséquences moléculaires, phénotypiques et écologiques immédiates de la polyploïdisation, mais l'impact à long terme de cette dynamique et les lois qui régissent la diploïdisation restent mal compris. Le large genre Sporobolus (Chloridoideae, Poaceae), qui s'est diversifié dans les 12 à 20 derniers millions d'années, est caractérisé par un nombre variable de chromosomes de base et une polyploïdisation récurrente. Dans ce genre, la section polyploïde Spartina contient un exemple classique de spéciation allopolyploïde récente, Sporobolus anglicus (2n=124) formé au cours du 19e siècle suite à une hybridation entre S. maritimus (2n=60) et S. alterniflorus (2n=62). Ce système représente donc un excellent modèle pour étudier les effets de la polyploïdisation à différentes échelles de temps évolutif, depuis l'événement de paléopolyploïdisation rho hérité de l'ancêtre de la famille des graminées il y a 90-115 millions d'années. Nous avons développé un pipeline dédié pour analyser les génomes dupliqués des polyploïdes S. maritimus et S. alterniflorus. Nous avons pu identifier deux sousgénomes divergents résultant de deux événements de méso-polyploïdisation successifs (WGD1 ~9,6-24,4 millions d'années, WGD2 ~2,1-6,2 millions d'années), révélant que S. maritimus et S. alterniflorus sont des méso-octoploïdes et non des hexaploïdes comme considérés auparavant. Nous avons mis en évidence un processus de diploïdisation, principalement par imbrications d'insertions chromosomiques, conduisant, d'un nombre de chromosomes de base ancestral x=10, à un nouveau nombre de base x=15, rendant les génomes modernes de S. maritimus et S. alterniflorus tétraploïdes. Nous avons également identifié une restructuration chromosomique à l'origine de la différence de nombre de chromosomes entre ces deux espèces. En comparant ces génomes à ceux de diverses lignées de Poacées apparentées, nous avons pu reconstituer l'évolution du caryotype des génomes du genre Sporobolus section Spartina. The evolutionary history of plant genomes is punctuated by cyclical rounds of polyploidization and diploidization events. In the last decades much progress has been accomplished in our understanding of the immediate molecular, phenotypic and ecological consequences of polyploidization, but the long-term impact of such dynamics, and the rules governing diploidization remain poorly understood. In the Chloridoideae subfamily (Poaceae), the large Sporobolus genus which diversified in the last 12-20 mys, is characterized by variable base chromosome numbers and recurrent polyploidization. In this genus, the polyploid section Spartina contains a textbook example of recent allopolyploid speciation, Sporobolus anglicus (2n=124) formed during the 19th century following hybridization between S. maritimus (2n=60) and S. alterniflorus (2n=62). This system represents then an excellent model for investigating the effects of polyploidization at different evolutionary time scales, since the rho paleopolyploidization event inherited from the grass family ancestor 90-115 mya. We developed a dedicated pipeline to analyze the duplicated genomes of the polyploid S. maritimus and S. alterniflorus. We were able to identify two divergent subgenomes resulting from two successive meso-polyploidization events (WGD1 ~9.6-24.4 mya, WGD2 ~2.1-6.2 mya), revealing that S. maritimus and S. alterniflorus are meso-octoploids and not hexaploids as previously thought. We identified unequivocal evidence of diploidization, predominantly through nested chromosome insertions, leading, from an ancestral base chromosome number x=10, to a new base number x=15, making the modern S. maritimus and S. alterniflorus genomes tetraploid. We also showed that chromosomal restructuring resulted in the chromosome number difference between these two species. By comparing these genomes to various related grass lineages, we were able to reconstruct the karyotype evolution of the Sporobolus section Spartina genomes. Electronic Thesis or DissertationText en application/pdf1 : 16157 Kohttps://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/4e948d30-1954-4e26-9ba1-be009c653a7d Milin Morgane 1996-06-18 FR 293093296 1001.morgane@gmail.com 2024URENB038 http://www.theses.fr/2024URENB038 2024-11-25 Génétique, génomique et bioinformatique Université de Rennesthesis.degree.grantor_1 26693823X Doctorat non ouiAinoucheMalikaintervenant_1059851775SalmonArmelintervenant_2178791113D'HontAngéliqueintervenant_3114572119LeitchIliaintervenant_417080058XRousseau-GueutinMathieuintervenant_5126987602D'HontAngéliqueintervenant_3114572119BaumelAlexintervenant_6059851724 EGAALecoleDoctorale_1 268886423 Ecobio partenaireRecherche_1 151300046 ddc:570 AinoucheMalikaSalmonArmelD'HontAngéliqueLeitchIliaRousseau-GueutinMathieuBaumelAlexUniversité de RennesEGAAL Ecobio ASCII PDF 16544905 restriction 2024-11-25 2026-05-25 restriction 2024-11-25 2026-05-25