Université de Rennes Apport de la PCR digitale pour l'évaluation du potentiel d'une trousse commerciale de RT-PCR en temps réel à quantifier des rhinovirus de différents génotypes Use of digital PCR to assess the potential of a commercial real-time RT-PCR assay to quantify rhinoviruses of various genotypes Rhinovirus humainPCR digitalequantificationcharge viralediversitéRT-PCR quantitative en temps réel digital PCRHuman rhinovirusquantificationviral loaddiversityquantitative real time RT-PCR PCR digitale Virémie Rhinovirus PCR quantitative La grande diversité des rhinovirus humains (HRV) rend leur quantification par biologie moléculaire complexe. L’objectif de cette étude était d’évaluer la capacité d’un test commercial de RT-PCR temps réel (RT-PCR TR) à quantifier différents génotypes de HRV dont le génome avait été préalablement titré en PCR digitale par deux systèmes : QX200TM (Biorad) et Naica® (Stilla). Cette méthode avait en effet montré une supériorité par rapport à la RT-PCR-TR pour quantifier ces virus. Le génome de six génotypes de HRV (A1, A2, A68, B17, B69, C5) a été quantifié en RT-dPCR et testé en parallèle avec la RT-PCR TR rhinovirus/entérovirus R-GENE®. A partir des courbes de calibration génotype-spécifique obtenues, un modèle de droite de calibration consensus a été établi. Les titres obtenus à partir de cette droite de calibration étaient comparables aux titres de référence obtenus en dPCR. La RT-PCR TR Rhinovirus R-GENE® aurait la capacité de quantifier de manière exacte différents génotypes de HRV. The wide diversity of human rhinoviruses (HRV) makes their quantification through molecular biology complex task. The aim of this study was to assess the ability of a commercial real-time RT-PCR test (RT-PCR TR) to quantify various HRV genotypes whose genomes had been previously titrated by digital PCR using two systems: QX200 TM (Bio-Rad) and Naica® (Stilla). This method showed superiority over RT-PCR for quantifying these viruses. The genome of six HRV genotypes (A1, A2, A68, B17, B69, C5) was quantified using RT-dPCR and tested in parallel with R-GENE® rhinovirus/enterovirus RT-PCR. From the genotype-specific calibration curves obtained, a consensus calibration line model was established. The titres obtained from this calibration line were comparable to the reference titres obtained using dPCR. R-GENE® Rhinovirus RT-PCR TR would be able to accurately quantify various HRV genotypes. Electronic Thesis or DissertationText fr application/pdf1 : 10536 Kohttps://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/cd506072-692c-412c-8f68-d9b90295f2f3 Thouault Luc 1997-09-02 FR 276421868 thouault.l@gmail.com 2023URENP090 http://www.theses.fr/2023URENP090 2023-10-24 Pharmacie Universite de Rennesthesis.degree.grantor_1 26693823X Doctorat (thèse d'exercice) non ouiPilorgéLéaintervenant_1164500502 ddc:610 PilorgéLéaUniversite de RennesSciences et technologie, medecine, pharmacie, odontologie, droit, economie, gestion, philosophie ASCII PDF 10788910 Luc Thouault restriction 2023-10-24 2024-10-24 confidentialité 2023-10-24 2024-11-01 restriction 2023-10-24 2024-11-01