Université de Rennes 1 Analyse de trajectoires de soins à partir de bases de données médico-administratives : apport d'un enrichissement par des connaissances biomédicales issues du Web des données Care trajectory analysis using medico-administrative data : contribution of a knowledge-based enrichment from the Linked Data Santé publiquePharmaco-épidémiologieBases de données médico-administrativesTrajectoires de soinsWeb Sémantique Medico-administrative databasesCare trajectoriesSemantic Web Santé publique Thèses et écrits académiques Pharmacoépidémiologie Thèses et écrits académiques Bases de données médico-administratives Thèses et écrits académiques Web sémantique Thèses et écrits académiques Pour la recherche en santé publique, réutiliser les bases médicoadministratives est pertinent et ouvre de nouvelles perspectives. En pharmacoépidémiologie, ces données permettent d’étudier à grande échelle l’état de santé, les maladies ainsi que la consommation et le recours aux soins d’une population. Le traitement de ces données est cependant limité par des complexités inhérentes à la nature comptable des données. Cette thèse porte sur l’utilisation conjointe de bases de données médicoadministratives et de connaissances biomédicales pour l’étude des trajectoires de soin. Cela recouvre à la fois (1) l’exploration et l’identification des trajectoires de soins pertinentes dans des flux volumineux au moyen de requêtes et (2) l’analyse des trajectoires retenues. Les technologies du Web Sémantique et les ontologies du Web des données ont permis d’explorer efficacement les données médicoadministratives, en identifiant dans des trajectoires de soins des interactions, ou encore des contre-indications. Nous avons également développé le package R queryMed afin de rendre plus accessible les ontologies médicales aux chercheurs en santé publique. Après avoir permis d’identifier les trajectoires intéressantes, les connaissances relatives aux nomenclatures médicales de ces bases de données ont permis d’enrichir des méthodes d’analyse de trajectoires de soins pour mieux prendre en compte leurs complexités. Cela s’est notamment traduit par l’intégration de similarités sémantiques entre concepts médicaux. Les technologies du Web Sémantique ont également été utilisées pour explorer les résultats obtenus. Reusing healthcare administrative databases for public health research is relevant and opens new perspectives. In pharmacoepidemiology, it allows to study large scale diseases as well as care consumption for a population. Nevertheless, reusing these information systems that were initially designed for accounting purposes and whose interoperability is limited raises new challenges in terms of representation, integration, exploration and analysis. This thesis deals with the joint use of healthcare administrative databases and biomedical knowledge for the study of patient care trajectories. This includes both (1) exploration and identification through queries of relevant care pathways in voluminous flows, and (2) analysis of retained trajectories. Semantic Web technologies and biomedical ontologies from the Linked Data allowed to identify care trajectories containing a drug interaction or a potential contraindication between a prescribed drug and the patient’s state of health. In addition, we have developed the R queryMed package to enable public health researchers to carry out such studies by overcoming the difficulties of using Semantic Web technologies and ontologies. After identifying potentially interesting trajectories, knowledge from biomedical nomenclatures and ontologies has also enriched existing methods of analysing care trajectories to better take into account the complexity of data. This resulted notably in the integration of semantic similarities between medical concepts. Semantic Web technologies have also been used to explore obtained results. Electronic Thesis or DissertationText fr en application/pdf1 : 7830 Kohttps://ged.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/d76cda17-9069-42e6-b564-62ff93e3584e Rivault Yann 1992-07-22 fr 23590709X rivaultyann@gmail.com 2019REN1B003 http://www.theses.fr/2019REN1B003 2019-01-28 Génétique, génomique, bioinformatique Universite de Rennes 1thesis.degree.grantor_1 02778715X Doctorat non ouiDameronOlivierintervenant_1082863113Le MeurNolwennintervenant_2099235226BurgunAnitaintervenant_3094355207EthierJean-Françoisintervenant_6195420306LamyJean-Baptisteintervenant_4110052773SoualmiaLinaintervenant_5112158978 Biologie-SantéecoleDoctorale_1 221707778 Universite Bretagne LoirepartenaireRecherche_1 191639044 RepèrespartenaireRecherche_2 204191408 IRISA partenaireRecherche_3 026386909 ddc:610 DameronOlivierLe MeurNolwennBurgunAnitaLamyJean-BaptisteSoualmiaLinaEthierJean-FrançoisUniversite de Rennes 1Sciences et technologie, medecine, pharmacie, odontologie, droit, economie, gestion, philosophieBiologie-SantéÉcole doctorale Biologie-Santé (Rennes)Universite Bretagne Loire Communaute des etablissements d enseignement superieur et de recherche (ComuE) Repères IRISA ASCII PDF 8018086