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| Syndrome des oeufs à extrémité de verre en France : étude épidémiologique et caractérisation des souches de Mycoplasma synoviae impliquées (Eggshell apex abnormality (EAA) syndrome in France: epidemiological studies and characterization of Mycoplasma synoviae strains involved) Cisneros Tamayo, Marco Vinicio - (2018-05-30) / Universite de Rennes 1 - Syndrome des oeufs à extrémité de verre en France : étude épidémiologique et caractérisation des souches de Mycoplasma synoviae impliquées
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Langue : Anglais Directeur(s) de thèse: Kempf, Isabelle; Gautier-Bouchardon, Anne Discipline : Microbiologie, Parasitologie, Virologie Laboratoire : ANSES. Ploufragan-Plouzané Ecole Doctorale : EGAAL Classification : Médecine et santé Mots-clés : Mycoplasma synoviae, mycoplasmose, syndrome des œufs à extrémités de verre, poules pondeuses, œufs
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Résumé : M. synoviae (MS) est l'agent causatif du syndrome des œufs à extrémités de verre (traduction anglais de Eggshell apex abnormality syndrome : EAA), maladie caractérisée par une coquille altérée, une translucidité accrue, un amincissement de la coquille, des fissures et des ruptures de l'apex. Trois études de terrain indépendantes ont été menées entre 2015 et 2018 dans des élevages de poules pondeuses en France. La première étude, une enquête épidémiologique, visait à identifier le syndrome EAA par rapport aux symptômes rapportés par les éleveurs. Le but de la seconde étude était d'isoler et d'identifier l'agent étiologique du syndrome EAA. La troisième étude visait à suivre un lot sur une ferme multi-âge avec des problèmes récurrents de EAA dans un lot de poules pondeuses vaccinées et d'identifier les variables qui pourraient expliquer l’expression d’EAA. L'enquête épidémiologique a ciblées 77 exploitations dans trois régions productrices d'œufs, avec 40 lots dans des systèmes alternatifs (ALT) et 56 dans des cages aménagées (FC). Sept lots ont présenté des symptômes spécifiques d' EAA (4 FC et 3 ALT), une prévalence de 7,3% (intervalle de confiance: 0,032-0,149) a été calculée dans cet échantillon. L'enquête a révélé que les symptômes de l'EAA pouvaient être observés à tous les stades de la production. Un faible niveau d'utilisation d'analyse de laboratoire et de vaccination a été identifié. Les résultats ont également suggéré que la vaccination contre MS en tant qu'outil de contrôle avait un effet protecteur contre les symptômes de l'EAA. La deuxième étude de terrain a été menée pour identifier MS par culture et PCR dans 33 lots avec des symptômes d'EAA. MS a été détecté dans 30 des 33 lots des deux systèmes de production (7/7 ALT et 23/26 FC). La détection était significativement plus élevée à partir d’écouvillons trachéaux (59%) qu'avec des écouvillons cloacaux (10,5%), dans l'albumine (3,6%) ou bien dans le jaune d'œuf (0,9%). L'utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF et du séquençage de nouvelle génération a détecté la présence de Mycoplasma pullorum (MP) dans 18 des 30 cas (60%). Quatorze génomes séquencés de MP, assemblés et annotés, sont disponibles dans Genbank. Le génome entier de 44 souches de MS, 31 souches de MP, d'origines différentes, isolées entre 1991 et 2017 ont été séquencées. Les séquences des 44 souches de MS ont été caractérisées en utilisant trois méthodes de typage différentes : typage de la région conservée du gène vlhA de MS, et MLST en utilisant deux schémas différents récemment publiés pour MS. Une partie des séquences des 44 souches de MS ont été attribuées aux allèles et types des séquences déjà décrites, tandis que de nouveaux allèles et types de séquences ont également été mis en évidence. Des arbres phylogénétiques ont été générés en fonction de chaque méthode de typage et par la concaténation des données issues des trois méthodes, permettant ainsi l’identification de différents groupes. L'étude longitudinale a montré un lien possible entre la détection de mycoplasmes et les problèmes de production d'œufs sans mettre en évidence une implication de l’EAA. MS et d'autres mycoplasmes aviaires ont été isolés durant toute l'étude malgré les traitements antimicrobiens et la vaccination. Les résultats de ces études ont confirmé la présence de l' EAA causée par MS en France et permettent de comprendre la situation actuelle de cette maladie sur le terrain. La spectrométrie de masse MALDI-TOF a été identifiée comme une technique de diagnostic rapide, précise et économique. De nombreuses souches de MS ont été isolées, séquencées et typées. La combinaison des méthodes de typage décrites dans ce travail pourrait être un outil précieux et fiable pour le typage des séquences de MS, permettant une meilleure compréhension de l'épidémiologie de l'infection. En ce qui concerne MP, des études devraient être menées pour évaluer son potentiel rôle dans l'expression de l’EAA. Abstract : M. synoviae (MS) is the agent of the Eggshell apex abnormality syndrome (EAA) characterized by an altered shell, increased translucency, shell thinning, and fissures and breaks in the apex. Three independent field studies were conducted between 2015 and 2018 in laying hen farms in France. The first study, an epidemiological survey, aimed to identify the EAA syndrome in relation to the symptoms reported by the producers. The aim of the second study was to isolate and identify the etiological agent of the EAA syndrome. The third study aimed to follow a laying hen flock on a multi-age farm with recurrent problems of EAA in order to evaluate over time the evolution of EAA in a vaccinated layer flock, to compare different diagnostic tools and to identify variables that could explain the EAA expression. The epidemiological survey covered 77 farms in three egg-producing regions, with 40 flocks in alternative systems (ALT) and 56 in furnished cages (FC). Seven flocks showed specific symptoms of EAA (4 FC and 3 ALT), a prevalence of 7.3% (confidence interval: 0.032-0.149) was calculated in this sample. The survey revealed that EAA symptoms could be observed at all stages of production. A low level of use of laboratory analysis and vaccination has been identified. The results also suggested that vaccination against MS as a control tool had a protective effect against the symptoms of EAA. The second field study was conducted to identify MS by culture and PCR in 33 flocks with symptoms of EAA. MS was detected in 30 of 33 flocks in both production systems (7/7 ALT and 23/26 FC). Detection was significantly higher from tracheal swabs (59%) than cloacal swabs (10.5%), albumen (3.6%) or egg yolk (0.9%). The use of MALDI-TOF mass spectrometry and Next Generation Sequencing detected the presence of Mycoplasma pullorum (MP) in 18 of the 30 cases (60%). Fourteen sequenced genomes of MP, assembled and annotated, are available in Genbank. The entire genome of 44 strains of MS, 31 strains of MP, of different origins, isolated between 1991 and 2017, was sequenced. The sequences of the 44 strains of MS were characterized using three different typing methods: typing of the conserved region of the MS vlhA gene, and MLST using two different schemes recently published for MS. Sequences of the 44 MS strains were assigned to alleles and sequenced types already described, but new alleles and sequence types were also evidenced. Phylogenetic trees were generated based on each typing scheme, but also by the concatenation of the data from the three methods. Different clusters were identified. The longitudinal study evidenced a possible link between the detection of mycoplasmas and egg production problems, even if EAA was not evidenced in this particular field study. MS and other avian mycoplasmas were isolated during all the study despite antimicrobial treatments and vaccination. The results of these studies confirmed the presence of the syndrome EAA caused by MS in France and allow to better understand the current situation of the EEA in the field. MALDI-TOF mass spectrometry was identified as a rapid, accurate and economical diagnostic procedure. Many strains of MS have been isolated, sequenced and typed. The combination of typing methods described in this work could be a valuable and reliable tool for MS sequence typing, providing better understanding of the epidemiology of MS infection. Studies should be conducted to evaluate the possible role of MP in the expression of EAA syndrome. | |||