| Evaluation de la flore bacterienne associée aux suppurations anopérinéales : étude pilote BACLAP (Evaluation of the bacterial flora in patients with anoperineal fistula due to Crohn disease : BACLAP pilot study) Carré, Lauriane - (2017-06-09) / Universite de Rennes 1 - Evaluation de la flore bacterienne associée aux suppurations anopérinéales : étude pilote BACLAP
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Langue : Français Directeur(s) de thèse: Siproudhis , Laurent; Kayal, Samer Discipline : hépato-gastro-entérologie Classification : Médecine et santé Mots-clés : Fistules anales, Maladie de Crohn, Bactériologie Standard, NGS
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Résumé : Les fistules anales sont des complications fréquentes de la maladie de Crohn. La physiopathologie de la formation de ces fistules reste mal comprise à l’heure actuelle. L’objectif de cette étude était d’évaluer au plan bactériologique des prélèvements de fistules anales pour explorer l’hypothèse d’une infection chronique dans l’entretien de ces fistules dans la maladie de Crohn. Il s’agit d’une étude analytique, prospective et monocentrique menée aux soins courants au CHU de Rennes. Nous avons analysé des prélèvements de fistules anales (brosse, tissu de granulation, pus et biopsie rectale) et les selles de 21 patients atteint de la maladie de Crohn et de 10 patients Témoins présentant des fistules anales cryptoglandulaires. Deux approches différentes ont été employées : la culture standard en utilisant un panel élargi de milieux de culture avec une identification exhaustive par Maldi-Tof et le séquençage à haut débit (NGS). La culture standard ne met pas en évidence de différences significatives en termes de diversité bactérienne et de type de flore entre les patients Crohn et Témoins. Par contre il existe une différence en fonction du type de prélèvement, du type de geste chirurgical (obturation vs drainage) et de la présence d’un séton. L’analyse par NGS réalisé sur 10 prélèvements, a révélé une dysbiose, caractérisée par une diminution de l’α-diversité, une diminution des Firmicutes et une augmentation des Bacteroidetes. L’analyse par la culture standard se révèle insuffisante pour apporter des arguments physiopathologiques dans la formation des fistules anales de la maladie de Crohn. Une étude plus large basée sur le séquençage à haut débit permettra d’apporter plus de réponses. Abstract : Crohn’s Disease is commonly complicated by perianal fistula. The etiologies of these fistulas remain largely misunderstood. The object of this study was to decipher bacteriological features characteristics, from perianal fistulas samples, to explore the hypothesis of chronic infection in the formation and maintenance of anal fistula in Crohn’s disease, in order to issue therapeutic recommendations. It is an analytical, prospective, monocentric study lead into the Rennes University Hospital. We analyzed anal fistula samples (brush, granulation tissue, pus and rectal biopsies) and when possible stools, of 21 patients with Crohn’s disease and 10 patients presenting cryptoglandular fistulas (control patients). First, we analyzed by standard culture, using a large panel of culture media with an exhaustive bacterial identification by mass spectrometry MALDI-TOF MS. Some samples were further analyzed, by the new generation high throughput sequencing (NGS). The standard culture failed to distinguish the fistula from Crohn’s patients from control fistula, in terms of bacterial diversity and type of flora. But, some differences were observed on the type of sample, the surgical intervention (obturation versus drainage) and the presence of a seton drain. NGS carried out on 10 samples reveals a dysbiosis specific to Crohn’s disease, characterized by a decrease in α-diversity, with a decrease in Firmicutes and an increase in Bacteroidetes. The standard culture analysis is insufficient to provide physiopathological arguments in the formation of fistula in Crohn’s disease and does not allow differentiating bacteriologically fistula of Crohn’s disease from cryptoglandular fistula. A larger study based on high throughput sequencing could enlighten this question | |||