| Contribution au génotypage et au pathotypage de souches vaccinales et issues du terrain de l'avibimavirus de la bursite infectieuse aviaire (Contribution to the genotyping and pathotyping of vaccine and field strains of avian infectious bursal disease avibimavirus) Molinet, Annonciade - (2023-05-30) / Universite de Rennes - Contribution au génotypage et au pathotypage de souches vaccinales et issues du terrain de l'avibimavirus de la bursite infectieuse aviaire
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Langue : Français, Anglais Directeur(s) de thèse: Eterradossi, Nicolas; Soubies, Sébastien Discipline : Microbiologie, virologie, parasitologie Laboratoire : ANSES - Plougragan Ecole Doctorale : EGAAL Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie Mots-clés : Bursite infectieuse aviaire, Gumboro, Machine learning, Pathotype, Génotype
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Résumé : La bursite infectieuse aviaire, maladie de Gumboro ou Infectious Bursal Disease (IBD) est une maladie d’origine virale immunodépressive et potentiellement mortelle, de répartition mondiale, du jeune poulet. Il existe plusieurs systèmes de classification de l’avibirnavirus responsable de l’IBD (l’IBDV). Une classification en génotypes, récemment proposée, se base sur les séquences nucléotidiques des deux segments génomiques viraux. Dans une première partie de ces travaux de thèse, nous décrivons la séquence génomique complète d’une nouvelle souche d’IBDV européenne non isolée de génotype AxB1. Cette séquence, indicative de variations antigéniques, permet de renforcer les connaissances épidémiologiques des souches d’IBDV circulant en Europe. L’IBDV est également classé en pathotypes selon la mortalité et l’immunodépression qu’elles induisent. Aucun marqueur moléculaire viral de la pathogénicité n’a encore été mis en évidence à ce jour. La détermination du pathotype d’une souche est donc typiquement réalisée au moyen d’expérimentations animales par rapport à des souches de référence. Dans la seconde partie de ces travaux de thèse, nous décrivons la mise au point d’un protocole in vivo de pathotypage reposant sur l’interprétation par machine learning des modifications de la formule sanguine d’animaux à 4 jours post-infection. Le protocole que nous avons établi à l’aide d’un panel de souches représentatives des différents pathotypes permet de correctement déterminer le pathotype d’une souche pour 84 % des individus infectés. Abstract : Infectious Bursal Disease (IBD) is an immunosuppressive and potentially fatal viral disease of young chickens present worldwide. There are several classification systems for the avibirnavirus that causes IBD (IBDV). A recently proposed genotype classification is based on the nucleotide sequences of the two genomic viral segments. In the first part of this thesis, we describe the complete genomic sequence of a new non-isolated European IBDV strain of AxB1 genotype. This sequence, indicative of antigenic variations, allows to strengthen the epidemiological knowledge of circulating strains in Europe. IBDV strains are also classified into pathotypes according to the mortality and immunosuppression they induce. No viral molecular marker of pathogenicity has yet been identified. The pathotyping of an IBDV strain is therefore typically carried out during animal experiments in relation to reference viral strains. In the second part of this thesis, we describe the development of an in vivo pathotyping protocol based on machine learning interpretation of changes in the blood leukocyte counts of animals at 4 days post-infection. The protocol that we have established using a panel of strains representative of the different known pathotypes allows us to correctly determine the pathotype of a strain for 84% of infected individuals. | |||