| Apport de nouvelles méthodes pour la détection et quantification de Campylobacter et étude des interactions avec d'autres microorganismes comme approche innovante pour son contrôle à l'élevage (Development of new methods for detection and quantification of Campylobacter and studying interactions with other microorganisms as an innovative approach for its control in breeding) Anis, Nagham - (2022-12-16) / Universite de Rennes 1 - Apport de nouvelles méthodes pour la détection et quantification de Campylobacter et étude des interactions avec d'autres microorganismes comme approche innovante pour son contrôle à l'élevage
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Langue : Français, Anglais Directeur(s) de thèse: Chemaly, Marianne; Guyard, Muriel Discipline : Microbiologie, virologie, parasitologie Laboratoire : ANSES - Plougragan Ecole Doctorale : EGAAL Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie Mots-clés : Campylobacter, Salmonella, qPCR, co-culture, interactions, volaille
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Résumé : Campylobacter est la bactérie responsable de la majorité des zoonoses en Europe. La viande de volaille est considérée comme une source majeure de contaminations humaines. Pour réduire l'exposition des consommateurs, des mesures de contrôle au niveau de l'abattoir et de l'élevage doivent être développées. L’étude des interactions possibles de Campylobacter avec d'autres microorganismes chez les volailles pourrait conduire au développement de nouvelles stratégies de contrôle. Les objectifs de la thèse étaient de développer une méthode moléculaire rapide et spécifique utilisant la PCR quantitative en temps réel (qPCR) pour détecter Salmonella et quantifier Campylobacter en une seule étape d'analyse et d'étudier l'interaction in vitro et in vivo entre ces deux bactéries et avec d'autres microorganismes. La méthode de la qPCR a été développée et validée sur des échantillons provenant de la production primaire et de la chaine de transformation alimentaire. Un effet positif de Salmonella sur la survie de Campylobacter in vitro lors d’une co-culture en conditions aérobies et une interaction positive entre ces deux bactéries in vivo après co-infection chez les poulets de chair ont été demontrés. Une interaction positive de Blastocystis avec Campylobacter et négative avec Salmonella ont été démontrées dans des fientes des volailles. Cette thèse a permis le développement d’une nouvelle méthode pour la détection de Salmonella et la quantification de Campylobacter en une seule étape. Elle a permis aussi d’identifier des interactions entre Campylobacter, Salmonella et Blastocystis pouvant amener à développer des moyens de lutte. Abstract : Campylobacter is the bacterium responsible for the majority of zoonosis in Europe. Poultry meat is considered as a major source of human contaminations. To reduce consumer exposure, control measures at the slaughterhouse and breeding level must be developed. Studying the possible interactions of Campylobacter with other microorganisms in poultry could lead to the development of new control strategies. The objectives of this PhD thesis were to develop a rapid and specific molecular method using quantitative real-time PCR (qPCR) to detect Salmonella and quantify Campylobacter in a single-step analysis, and to study the interaction in vitro and in vivo between these two bacteria and with other microorganisms. The qPCR method was validated on samples originated from the primary production and from the food processing level. A positive effect of Salmonella on the survival of Campylobacter in vitro co-cultured under aerobic conditions and a positive interaction in vivo after co-infection of these two bacteria in broilers were demonstrated. A positive interaction of Blastocystis with Campylobacter and a negative one with Salmonella was demonstrated in fecal poultry samples.This PhD thesis contributed to the development of a new method for detection of Salmonella and quantification of Campylobacter in a single step. It also has showed interactions between Campylobacter, Salmonella and Blastocystis that could lead to the development of control measures. | |||