| Validation fonctionnelle d'un nouveau variant génétique de NUP107 impliqué dans l'insuffisance ovarienne prématurée (Functional validation of a new NUP107 variant implicated in premature ovarian insufficiency ) Balès, Diane - (2022-09-29) / Universite de Rennes 1 - Validation fonctionnelle d'un nouveau variant génétique de NUP107 impliqué dans l'insuffisance ovarienne prématurée
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Langue : Français Directeur(s) de thèse: Jaillard, Sylvie Discipline : Médecine Classification : Médecine et santé Mots-clés : Insuffisance ovarienne prématurée, variants génétiques, édition du génome, Base Editing, validation fonctionnelle, RNA-Seq
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Résumé : Contexte : L’insuffisance ovarienne prématurée (ou précoce) est une pathologie touchant 1% des femmes de moins de 40 ans dont l’étiologie reste indéterminée dans 70% des cas. Grâce à l’essor des approches de séquençage massif parallèle ces dernières années, de nombreux variants génétiques ayant un impact sur la fonction ovarienne ont été découverts. Cependant, nombre d’entre eux restent dans l’attente d’une validation fonctionnelle pour pouvoir être classés comme pathogènes. Pour pallier cette problématique, le service de Cytogénétique et Biologie Cellulaire du CHU de Rennes s’est fixé pour mission de tester à moyen/haut débit des variants de signification incertaine (VSI, classe 3) révélés par séquençage d’exome à partir d’une cohorte de patientes atteintes d’insuffisance ovarienne débutante ou précoce (IOD ou IOP). Objectif : Nous nous sommes intéressés à un variant homozygote du gène NUP107 (c.1064G>A, p.Arg355His) découvert chez une patiente en IOP à l’âge de 21 ans. Plusieurs études préalables avaient fait cas de la présence de variants de NUP107 chez des patientes avec un phénotype semblable, suscitant notre intérêt pour ce dernier. L’objectif était de reproduire ce nouveau variant dans un modèle cellulaire donné (lignée HAP1) et de valider fonctionnellement son implication dans la pathologie. Méthodologie : Nous avons utilisé une méthode d’édition du génome dérivant du système CRISPR-Cas9 : le Base Editing, qui permet d'introduire de manière permanente des variants ponctuels dans l'ADN de cellules vivantes. Plusieurs tests fonctionnels ont ensuite été réalisés sur les clones cellulaires porteurs de la variation (édités) pour pouvoir répondre à l’objectif fixé. Résultats : La reproduction du variant de NUP107 (c.1064G>A, p.Arg355His) dans la lignée HAP1 par Base Editing s’est montrée rapide, efficace et précise (obtention de 2 clones homozygotes dès la première amplification) ce qui a permis un passage rapide à l’étape de validation fonctionnelle. Hormis une atteinte localisée de la structure protéique (abolition du pont salin entre D447 et R355), les tests préliminaires ne permettent pas de mettre en lumière un impact fort du variant d’intérêt. Des tests complémentaires, qui peuvent se montrer cruciaux pour aider définir une nouvelle classification, sont actuellement en cours. Parmi eux, le RNA-Seq est un outil qui s’annonce prometteur pour améliorer le rendement diagnostic du séquençage génomique et apporter de nouvelles preuves fonctionnelles. Conclusion : Même si les premiers les tests fonctionnels réalisés sont insuffisants pour établir un lien causal entre le variant de NUP107 et le phénotype observé chez la patiente porteuse, il est nécessaire de les poursuivre, les améliorer et même d’envisager l’utilisation d’un modèle cellulaire plus spécifique pour pouvoir conclure sur le caractère pathogène du variant. Abstract : | |||