| Analyse d’interaction de peptides, pseudopeptides et glycoconjugués aux activités antimicrobiennes et anti-leishmaniennes avec différents modèles membranaires (Interaction analysis of peptides, pseudopeptides and glycoconjugates with antimicrobial and anti-leishmanial activities with different membrane models) El Harras, Abderrakef - (2020-12-15) / Universite de Rennes 1 - Analyse d’interaction de peptides, pseudopeptides et glycoconjugués aux activités antimicrobiennes et anti-leishmaniennes avec différents modèles membranaires
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Langue : Français Directeur(s) de thèse: Bondon, Arnaud; Legentil, Laurent Discipline : Chimie moléculaire et macromoléculaire Laboratoire : ISCR Ecole Doctorale : Matière, Molécules et Matériaux Classification : Chimie, minéralogie, cristallographie Mots-clés : Peptide, RMN, modèle membranaire, antibiotique, structure tridimensionnelle, glycoconjugué
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Résumé : La couche externe des membranes bactériennes et parasitaires présente en majorité des glycoconjugués qui constituent la première barrière contre toutes les interactions néfastes avec l'extérieur de la cellule. Cette couche filtre les molécules pouvant atteindre la bicouche lipidique. L’objectif de cette thèse était d’obtenir une meilleure compréhension des relations existantes entre des peptides antibiotiques et le glycocalix des bactéries et des parasites. Dans le premier chapitre, la structure tridimensionnelle d’un peptide antimicrobien produit par deux souches bactériennes de pseudoalteromonas en présence de micelles de LPS a été déterminée. Dans le second chapitre, la structure de pseudopeptides antimicrobiens de synthèse en interaction avec divers modèles membranaires ont été résolues.Le rôle des charges a été mis en évidence puisque de fortes variations d’affinité ont pu être détectées, par RMN du liquide, grâce à l’utilisation de SUV anioniques et zwitterioniques. Néanmoins la forte similitude des structures tridimensionnelles obtenues sous contraintes de distances RMN avec ces deux types de SUV implique que la sélectivité des peptides, entre cellules eucaryotes et bactéries, serait principalement associée aux interactions électrostatiques sans rôle important pour les interactions hydrophobes. Une structure différente a été obtenue en présence de micelles de LPS. Dans le troisième chapitre, l’étude de l’interaction du parasite L. tarentolae avec plusieurs galactofuranolipides et des pseudopeptides est présentée. Abstract : The outer layer of bacterial and parasitic membranes mainly contains glycoconjugates which constitute the first barrier against all harmful interactions with outside of the cell. This layer filters molecules that can reach the lipid bilayer. The objective of this thesis was to obtain a better understanding of the existing relationships between antibiotic peptides and the glycocalyx of bacteria and parasites. In the first chapter, the three-dimensional structure of an antimicrobial peptide produced by two bacterial strains of pseudoalteromonas in the presence of LPS micelles was determined. In the second chapter, the structure of synthetic antimicrobial pseudopeptides interacting with various membrane models were resolved.The role of charges has been demonstrated since strong variations in affinity could be detected, by liquid NMR, thanks to the use of anionic and zwitterionic SUVs. However, the strong similarity of the three-dimensional structures obtained under NMR distance constraints with these two types of SUV involves that the selectivity of the peptides, between eukaryotic cells and bacteria, would be mainly associated with electrostatic interactions without an important role for the hydrophobic interactions. A different structure was obtained in the presence of LPS micelles. In the third chapter, the study of the interaction of the parasite L. tarentolae with several galactofuranolipids and pseudopeptides is presented. | |||