| Comparaison du RNA-séquençage avec l’hybridation in situ en fluorescence pour la détection des gènes de fusion dans les cancers bronchiques non à petites cellules (Comparison of RNA-sequencing with fluorescence in situ hybridization for the detection of fusion genes in non-small cell lung cancers) Berra, Cyrille - (2020-09-28) / Universite de Rennes 1 - Comparaison du RNA-séquençage avec l’hybridation in situ en fluorescence pour la détection des gènes de fusion dans les cancers bronchiques non à petites cellules
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Langue : Français Directeur(s) de thèse: Cabillic, Florian Discipline : MEMOIRE DE D.E.S DE BIOLOGIE MEDICALE POUR THESE EN VUE DU DIPLÔME D’ÉTAT DE DOCTEUR EN MÉDECINE Classification : Médecine et santé Mots-clés : Cancer bronchique non à petites cellules, gène de fusion, RNA-séquençage, hybridation in situ en fluorescence, Archer FusionPlex
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Résumé : Au cours des 13 dernières années, plusieurs gènes de fusion récurrents ont été identifiés dans près de 13% des adénocarcinomes bronchiques, et dont la détection est aujourd’hui un enjeu important pour la prise en charge de cette pathologie. L’activité oncogénique des protéines de fusion correspondantes peut être ciblée par des inhibiteurs tyrosine kinase spécifiques, permettant de traiter les patients de façon plus efficace et moins contraignante que les chimiothérapies conventionnelles. L’hybridation in situ en fluorescence (FISH) est, encore aujourd’hui, la technique de référence pour la détection de ces altérations, car adaptée aux tissus fixés dans le formol et inclus en paraffine, et ne nécessitant pas de connaissance des partenaires de fusion impliqués. Cependant, son principe de fonctionnement impose de rechercher chaque fusion de façon séquentielle, sans permettre la localisation du point de cassure chromosomique, ni l’identification du partenaire de fusion. Le kit Archer® FusionPlex® (ArcherDX, Boulder) propose de contourner ces différentes limitations par l’utilisation du séquençage à haut-débit ciblé de l’ARN tumoral basé sur la technologie « Anchored Multiplex PCR », une méthode d’enrichissement propriétaire dérivant de l’amplification. Ce travail, réalisé à l’Institut Gustave Roussy (Villejuif, France), compare de façon rétrospective le kit Archer® FusionPlex® Lung Panel avec la FISH à partir d’une cohorte de 19 tumeurs issues de patients atteints de NSCLC, et 2 tumeurs extra-pulmonaires. En prenant la FISH comme référence, nos résultats montrent une sensibilité de 90% (9 Archer+/10 FISH+), une spécificité de 100% (8 Archer-/8 FISH-), et un taux d’échec de 14,8% (3/21). Nous avons également déterminé que le kit Archer® FusionPlex® Lung Panel est capable de détecter les mutations et petites délétions activatrices des gènes EGFR, KRAS et BRAF, sur des échantillons présentant une fréquence allélique et une cellularité tumorale pouvant descendre jusqu’à 4% et 10% respectivement. En conclusion nos résultats suggèrent que le kit Archer® FusionPlex® présente des performances suffisantes pour être utilisé dans le cadre d’une activité diagnostique, et constitue donc une alternative intéressante à la FISH, car ne nécessitant pas d’expertise spécifique pour son interprétation, et réduisant considérablement le temps et la quantité de tissu tumoral nécessaires grâce à son importante capacité de multiplexage. Abstract : Over the last 13 years, several recurrent fusion genes have been identified in up to 13% of lung adenocarcinomas, and their detection is now an important issue in the management of this pathology. The oncogenic activity of the corresponding fusion proteins can be targeted by specific tyrosine kinase inhibitors, making it possible to treat patients in a more effective and less restrictive way than conventional chemotherapy. Fluorescence in situ hybridization (FISH) is still the gold standard for the detection of these alterations, as it is suitable for formalin-fixed and paraffin-embedded tissues and does not require knowledge of the fusion partners involved. However, its operating principle requires that each fusion be sought sequentially, without allowing the localization of the chromosomal break point or the identification of the fusion partner. The Archer® FusionPlex® kit (ArcherDX, Boulder) offers to overcome these limitations by using targeted high-throughput sequencing of tumor RNA based on Anchored Multiplex PCR technology, a proprietary enrichment method that derives from amplification. This work, performed at the Institut Gustave Roussy (Villejuif, France), compares retrospectively the Archer® FusionPlex® Lung Panel kit with FISH from a cohort of 19 tumors from NSCLC patients and 2 extra-pulmonary tumors. Using FISH as a reference, our results show a sensitivity of 90% (9 Archer+/10 FISH+), a specificity of 100% (8 Archer-/8 FISH-), and a failure rate of 14.8% (3/21). We also determined that the Archer® FusionPlex® Lung Panel kit is able to detect EGFR, KRAS and BRAF mutations and small deletions in samples with an allele frequency and tumor cellularity as low as 4% and 10%, respectively. In conclusion, our results suggest that the Archer® FusionPlex® kit has adequate performance to be used for diagnostic purposes, and is therefore an interesting alternative to FISH, as it does not require specific expertise for its interpretation, and considerably reduces the time and amount of tumor tissue required owing to its high multiplexing capacity. | |||