| Intérêt de la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF pour l'identification d'espèces, de sous-espèces et de lignées bactériennes au sein du genre Streptococcus (The use of MALDI-TOF mass spectrometry for species, subspecies and clones identification within the Streptococcus genus) Guillaume, Clémence - (2017-10-27) / Universite de Rennes 1 - Intérêt de la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF pour l'identification d'espèces, de sous-espèces et de lignées bactériennes au sein du genre Streptococcus
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Langue : Français Directeur(s) de thèse: Lanotte, Philippe Discipline : Pharmacie Classification : Médecine et santé Mots-clés : spectrométrie de masse, MALDI-TOF, streptocoques, identification bactérienne
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Résumé : La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF a révolutionné l’identification en bactériologie et mycologie. L’objectif de ce travail est d’optimiser son utilisation pour les bactéries du genre Streptococcus, en particulier par la distinction de l’espèce S. pneumoniae avec les autres espèces du complexe Mitis (S. mitis, S. oralis et S. pseudopneumoniae), l’identification précise des espèces et sous-espèces du complexe Bovis/Equinus et la détection du clone hypervirulent ST-17 chez S. agalactiae. Afin de répondre aux besoins d’identification spécifiques, plusieurs approches ont été expérimentées. En plus de l’utilisation standard de la base Biotyper 6903 MSP, trois axes ont été explorés : l’application d’un score pondéré pour S. pneumoniae, la création de dendrogrammes pour les streptocoques du groupe Bovis/Equinus et l’analyse de pics caractéristiques pour l’ensemble des isolats étudiés. La base Biotyper a permis l’identification correcte de 94,5% des streptocoques du complexe Mitis. Une souche S. mitis a été identifiée par erreur S. pneumoniae. L’étude de pics spécifiques s’est révélée être l’alternative la plus prometteuse pour distinguer les espèces de ce complexe. Des résultats hétérogènes ont été constatés lors de l’identification de 50 streptocoques du groupe Bovis/Equinus. La meilleure option pour discriminer S. gallolyticus subsp. gallolyticus et S. gallolyticus subsp. pasteurianus a été la création de dendrogrammes. L’étude de 50 souches de S. agalactiae dont 27 appartenant au CC-17 a confirmé la capacité de la spectrométrie de masse à individualiser cette lignée particulière. Abstract : MALDI-TOF mass spectrometry has revolutionized the identification of microbial species in clinical microbiology laboratories. In this study, we tried to upgrade MALDI-TOF MS use for Streptococcus genus by improving differentiation of S. pneumoniae within the Mitis group, identification of streptococci within the Bovis/Equinus group and detection of the S. agalactiae highly virulent ST-17 phylogenetic lineage. Several assays were attempted to achieve accurate identification. A novel interpretation algorithm has been applied for S. pneumoniae, dendogram cluster analysis was performed for Bovis/Equinus streptococci and peak analysis was used for all isolates. Using classical Maldi Biotyper, 94,5% of Mitis streptococci was correctly identified. One S. mitis was misidentified as S. pneumoniae. We suggested mass fingerprint analysis as the best tool for distinguishing streptococci within the Mitis group. Bovis/Equinus group streptococci could not be reliably identified. Dendrogram analysis enabled more accurate subspecies identification between S. gallolyticus subsp. gallolyticus and S. gallolyticus subsp. pasteurianus. Rapid detection of Group B streptococcus CC-17 by mass spectrometry was strengthened after investigating 50 new strains. | |||